مارسی حدود ۶۰۰ سال پیش از میلاد توسط دریانوردان یونانی از فوکایا (Phocaea) با نام «ماسالیا» (Massalia) بنیان‌گذاری شد و به یکی از مهم‌ترین بنادر تجاری دنیای باستان در غرب مدیترانه تبدیل شد. این پیشینه، مارسی را به قدیمی‌ترین شهر فرانسه بدل کرده است.

در قرون وسطی، مارسی به‌عنوان بندری مهم برای تجارت و کاروان‌های صلیبی به سوی سرزمین‌های شرقی نقش‌آفرینی کرد. در قرن شانزدهم، الحاق رسمی مارسی به قلمرو پادشاهی فرانسه، جایگاه این شهر را به‌عنوان دروازه‌ی اصلی فرانسه به مدیترانه تثبیت کرد.

در قرن نوزدهم و با گسترش امپراتوری استعماری فرانسه در شمال آفریقا، مارسی به دروازه‌ی اصلی ورود و خروج کالا و مسافر میان فرانسه و مستعمرات تبدیل شد. این دوره رشد صنعتی و جمعیتی چشمگیری برای شهر به همراه داشت.

موج‌های مهاجرت از کشورهای مختلف مدیترانه‌ای و شمال آفریقا طی قرن بیستم، مارسی را به یکی از چندفرهنگی‌ترین شهرهای فرانسه تبدیل کرد. در دهه‌های اخیر نیز، پروژه‌های بزرگ بازسازی بندر و محله‌های ساحلی (مانند Euroméditerranée)، مارسی را به قطبی برای نوآوری، فناوری و گردشگری بدل کرده‌اند.

امروزه مارسی میزبان دانشگاه اکس-مارسی (Aix-Marseille Université)، یکی از بزرگ‌ترین دانشگاه‌های فرانسوی‌زبان دنیا، و جامعه‌ای پرجنب‌وجوش از دانشجویان بین‌المللی است که در کنار میراث تاریخی و بندری این شهر، فضایی پویا برای زندگی و تحصیل فراهم کرده‌اند.